TCDB

TCDB Apresentação
Modelo Banco de dados biológico , arquivo aberto , banco de dados de medicamentos ( d ) , site , software livre
Local na rede Internet www.tcdb.org

TCDB , do English Transporter Classification DataBase , é um banco de dados de bioinformática de proteínas de transporte de membrana, incluindo canais iônicos . Sua classificação é aprovada pelo IUBMB e é construída de forma semelhante à nomenclatura de enzimas da CE . Compreende nove classes de primeiro nível, elas próprias subdivididas em subclasses de segundo nível e, em seguida, em superfamílias , famílias e substratos .

As nove classes TCBD são assim:

  1. Canais iônicos e poros
  2. Transportadores ativados eletroquimicamente
  3. Operadoras ativas diretas (primárias)
  4. Translocadores de grupo
  5. Portadores de moléculas de transferência de elétrons
  6. Classe reservada para futuras extensões
  7. Classe reservada para futuras extensões
  8. Fatores adicionais envolvidos no transporte
  9. Sistemas de transporte parcialmente caracterizados

Notas e referências

  1. (em) Milton H. Saier Jr. Vamsee S. Reddy, G. Dorjee Tamang e Åke Västermark , "  The Transporter Classification Database  " , Nucleic Acids Research , Vol.  42, n o  D1, Janeiro de 2014, D251-D258 ( PMID  24225317 , PMCID  3964967 , DOI  10.1093 / nar / gkt1097 , ler online )
  2. (em) Milton H. Saier Jr. Ren Ming Yen, Keith Noto, Dorjee Tamang G. e Charles Elkan , "  The Transporter Classification Database: recent advance  " , Nucleic Acids Research , Vol.  37, n o  Suplemento 1, janeiro de 2009, D274-D278 ( PMID  19022853 , PMCID  2686586 , DOI  10.1093 / nar / gkn862 , leia online )
  3. (em) Milton H. Saier Jr. Can Tran V. e Ravi D. Barabote , "  TCDB: the Transporter Classification Database para a análise de proteínas de membrana de transporte e informação  " , Nucleic Acids Research , Vol.  34, n o  Suplemento 1, janeiro de 2006, D181-D186 ( PMID  16381841 , PMCID  1334385 , DOI  10.1093 / nar / gkj001 , leia online )

Apêndices