BRENDA
BRENDA é um banco de dados sobre as enzimas . É mantido e desenvolvido pelo Instituto de Bioquímica da Universidade de Colônia . Os dados sobre as funções enzimáticas são retirados diretamente da literatura primária. As verificações formais, bem como as verificações de consistência, são realizadas por programas de computador; além disso, cada um dos dados inseridos é verificado "manualmente". A última revisão data dejaneiro de 2010 e incluiu:
- Aceleração significativa da velocidade de atualização
- Desenvolvimento de um novo navegador de árvore EC
- Navegador de árvore de taxonomia
- Mecanismo de pesquisa de subestrutura química para estruturas de ligantes
- Desenvolvimento de um vocabulário controlado
- Ontologia de certos campos de informação
- Glossário de nomes de ligantes.
usar
A base de dados abrange 40 entradas, com informações sobre a nomenclatura, reações, especificidade, estrutura da enzima, seu método de isolamento ou preparação, referências na literatura científica e referências cruzadas para sequência ou estrutura 3D.
O banco de dados pode ser acessado gratuitamente para usos acadêmicos e sem fins lucrativos; os usos comerciais precisam ser licenciados. Para utilizar o banco de dados, é necessário se cadastrar por e-mail. O banco de dados pode ser pesquisado por nomenclatura CE , nome de enzima, organismo ou uma pesquisa avançada combinando essas entradas.
Outros bancos de dados
Parte do texto em inglês a ser traduzido para o francês
Texto em inglês a ser traduzido:
BRENDA também possui links para outros bancos de dados. Incluindo KEGG, que fornece informações sobre a via na qual a enzima está envolvida. Ele também contém links para informações de ontologia genética por meio do site do GO. Também há links para a literatura por meio do PubMed. Outros bancos de dados que o BRENDA vincula para incluir:
- ExPASy
- Bancos de dados NCBI (proteínas, nucleotídeos, estrutura, genoma, OMIM, domínios
- Nomenclatura de enzima IUBMB
- Banco de dados PDB (informações 3D)
- PROSIDADE
- SISTEMAS
- Banco de dados de mutantes de proteínas
- SCOP
- CATH
- InterPro
Referências
- Springer Handbook of Enzymes, Schomburg, D., Schomburg, I. (2001) 2 d Ed. Springer, Heidelberg
- Dados enzimáticos e informações metabólicas: BRENDA, um recurso para pesquisa em biologia, bioquímica e medicina Schomburg, I., Hofmann, O., Bänsch, C., Chang, A., Schomburg, D. Gene Funct. Dizer. (2000) 3-4, 109-18
- BRENDA, dados enzimáticos e informações metabólicas. Schomburg, I., Chang, A., Schomburg, D. Nucleic Acids Res. (2002) 30, 47-9
- BRENDA: um recurso para dados enzimáticos e informações metabólicas. Schomburg I., Chang A., Hofmann O., Ebeling C., Ehrentreich F., Schomburg D. Trends Biochem. Sci. Janeiro de 2002; 27 (1): 54-6.
- Revisão da Base de Dados BRENDA. Pharkya P., Nikolaev EV, Maranas CD Metab Eng. Abril de 2003; 5 (2): 71-3.
- BRENDA, o banco de dados de enzimas: atualizações e novidades importantes. Schomburg I., Chang A., Ebeling C., Gremse M., Heldt C., Huhn G., Schomburg D. Nucleic Acids Res. 01 de janeiro de 2004; 32 Problema do banco de dados: D431-3.