O algodão Bt são cultivares de algodão da espécie Gossypium hirsutum que foram geneticamente modificados pela adição do gene que confere a capacidade de produzir um inseticida .
O termo "Bt" refere-se a Bacillus thuringiensis a partir do qual o gene que codifica a proteína inseticida foi extraído.
Os algodão Bollgard I (MON 531) e Bollgard II (MON 15985) geneticamente modificado da Monsanto são algodão Bt.
Em 2010, a revista Science revelou as consequências indesejáveis muito importantes causadas pelo cultivo do algodão Bt no norte da China. O cultivo de três milhões de hectares de uma planta de algodão Bt, manipulada para produzir um inseticida contra uma traça-praga, resultou na proliferação do inseto do campo, Adelphocoris lineolatus, que devastou 26 milhões de hectares de hortaliças e frutas, afetando 10 milhões de pequenos proprietários em Hebei e Shandong . Como resultado, eles tiveram que aumentar muito o uso de pesticidas químicos para salvar as safras.
Em 2016, Burkina Faso, o primeiro país africano a embarcar no algodão transgênico (2003), interrompeu a produção desse tipo de algodão e voltou às sementes tradicionais. As variedades da Monsanto produzem fibras mais curtas e de qualidade inferior, resultando em um declínio catastrófico no valor da produção e produtos não vendidos nos mercados internacionais. Embora os rendimentos sejam maiores, o declínio na qualidade do algodão levou a empresa algodoeira a interromper a distribuição de sementes de algodão Bt.