A bandeira de Zanzibar mudou muitas vezes dependendo dos governos sucessivos.
Sultanato de Zanzibar
6 de abril de 1861 - 1890
Protetorado de Zanzibar
1890 -10 de dezembro de 1963
Sultanato de Zanzibar
10 de dezembro de 1963 - 12 de janeiro de 1964
República Popular de Zanzibar
Janeiro de 1964
República Popular de Zanzibar
12 de janeiro de 1964 - 26 de abril de 1964
Governo Revolucionário de Zanzibar
26 de abril de 1964 - Em andamento
O Pemba usou sua própria bandeira18 de janeiro de 1964no final do mês durante a existência da República Popular de Pemba .