PCR in silico

O PCR in silico é uma ferramenta de bioinformática usada para simular o PCR para um conjunto de primers fornecidos.

Esta ferramenta é usada para otimizar o design de sondas com base no DNA alvo (ou cDNA). A otimização de sondas tem dois objetivos: eficiência e seletividade. A eficiência é melhorada levando-se em consideração fatores como proporção de GC, eficiência de hibridização, complementaridade, estrutura secundária de ácidos nucléicos e ponto de fusão (Tm) do DNA. Aumentar a seletividade evita que a sonda se ligue aleatoriamente a outro local ou a uma região conservada em outro gene da mesma família. Se a seletividade for insuficiente, o amplicon será uma mistura de vários produtos além da sequência de interesse.

Para além da criação de iniciadores adequados, as ferramentas de PCR in silico permitem prever a localização de ligação de um iniciador, a sua orientação, o comprimento de cada amplicão, permitindo prever a mobilidade em electroforese dos seus vários componentes, e identificar um possível quadro de leitura aberto .

Muitos softwares estão disponíveis. Um dos mais usados ​​é o e-PCR, que está disponível gratuitamente no site do National Center for Biotechnology Information . FastPCR é um software comercial para testar simultaneamente um conjunto de primers para múltiplas sequências alvo ( PCR multiplex ).

O VPCR permite realizar uma simulação dinâmica de PCR multiplex para estimar os efeitos quantitativos da competição entre os diferentes amplicons.

Um iniciador pode se ligar a muitas sequências previstas, mas apenas sequências com nenhuma ou poucas incompatibilidades (1 ou 2, dependendo da localização) perto da extremidade 3 'do iniciador podem levar à extensão da polimerase. Isso é para as últimas 10-12 bases perto da extremidade 3 '.

Referências

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