A reação em cadeia da polimerase aninhada ( nested PCR), também chamada de nested PCR , é uma modificação da PCR clássica para reduzir a quantidade de produtos inespecíficos resultantes da ligação dos primers a locais inesperados.
A própria reação em cadeia da polimerase é um processo que amplifica as sequências de DNA por meio do uso de uma DNA polimerase termorregulada. O produto pode ser usado para sequenciamento ou análise e esse processo é a pedra angular de muitas pesquisas e aplicações laboratoriais da genética, como ciência forense ou impressão digital de DNA. A PCR convencional requer primers complementares às extremidades do DNA alvo. A ligação de primers a locais incorretos é um problema recorrente que resulta na amplificação de sequências inesperadas.
Assim, o nested PCR possibilita, pelo envolvimento de dois pares de primers usados sucessivamente, limitar esse fenômeno, devendo o segundo par de primers amplificar uma sequência localizada dentro do produto do primeiro PCR.