O arquêntero (do grego arkhaios , antigo e enteron , intestino) é o nome dado ao intestino primitivo dos Metazoários , ou seja, à primeira cavidade que passa pelo embrião em desenvolvimento e que se comunica com o exterior pelo blastóporo .
Formado durante a gastrulação , esse órgão tubular é circundado pela endoderme recém-formada e se tornará o sistema digestivo do corpo. Se o arquêntero dá origem principalmente à formação da boca, falamos de um organismo protostomal ; ao contrário, se ele se abre para o ânus, falamos de um deuterostômio . O homem é um deuterostômio.