A pequena cidade de Pernes é palco de duas batalhas travadas durante a Guerra Civil Portuguesa, que opôs adeptos do liberalismo aos do absolutismo . A primeira ocorreu em 1833 e a segunda no ano seguinte.
O 11 de novembro de 1833, Pernes colidir vê as tropas liberais de Marechal Saldanha e tropa Michel I st de Portugal , que então ocupavam as fábricas nos arredores, moinhos através do qual se reabastece de farinha o rei e suas tropas, em seguida, estabeleceu-se em Santarém . As tropas de Saldanha conseguem destruir de surpresa grande parte dos engenhos e pôr em fuga as tropas absolutistas.
No ano seguinte, o 30 de janeiro de 1834Tem lugar a grande batalha de Pernes que permanece na história como os Pernes Retirada (reserva Pernes), tropas de Saldanha infligindo uma pesada derrota às tropas de Michael I st , comandado pelo Marechal de Campo Canavarro, com quase 900 mortos, a maioria deles se afogou no Alviela ( fr ) . Esta batalha é decisiva na guerra civil portuguesa.
O Tenente-General Pedro Paulo Ferreira de Sousa , a quem é atribuído o título de 1º Barão de Pernes, desempenha um papel destacado nesta batalha.