SYBR Green I

SYBR verde
Identificação
Sinônimos	[2- [ N - (3-dimetilaminopropil) - N- propilamino] -4- [2,3 -dihidro-3-metil- (benzo-1,3-tiazol-2-il) - metilideno] -1- fenil -quinolínio] + °
N o CAS	163795-75-3
Propriedades quimicas
Fórmula bruta	C 32 H 37 N 4 S   [Isômeros]
Massa molar	509,728 ± 0,034  g / mol C 75,4%, H 7,32%, N 10,99%, S 6,29%,
Propriedades físicas
Fusão T °	262  ° C
Temperatura de autoignição	não inflamável (> −6  ° C )
Precauções
Inalação	Oficialmente nenhum
Pele	Oficialmente nenhum
Olhos	Oficialmente nenhum
Risco biológico oficial	não perigoso (padrão US OSHA)
Status oficial de resíduos	nem perigoso nem tóxico (padrão americano)
Unidades de SI e STP, salvo indicação em contrário.

O SYBR Green I é um composto orgânico aromático de fórmula química C 32 H 37 N 4 S parte de cianinas assimétricas ( fluoróforos ). Ele tem a capacidade de se ligar a ácidos nucléicos e de emitir fluorescência . É, portanto, usado em biologia molecular como um agente fluorescente, em particular na realização de PCRs quantitativos .

Propriedades

SYBR green I é uma molécula que pode se ligar a todos os tipos de ácidos nucléicos de fita dupla. Não é um agente intercalante: por definição, um agente intercalante é uma molécula que pode ser inserida entre as placas formadas pelas bases emparelhadas de um ácido nucleico  ; SYBR green não cumpre esta definição, uma vez que se liga ao sulco menor no DNA . Depois de fixado, ele se torna um fluoróforo muito bom. Assim, o complexo DNA de fita dupla / SYBR verde I absorve luz azul (λ max = 497 nm) e emite luz verde (λ max = 520 nm). O agente também pode se ligar preferencialmente ao DNA de fita dupla, mas também pode se ligar ao DNA de fita simples com desempenho inferior e comprimentos de onda de excitação e emissão ligeiramente diferentes.

usar

Dadas essas propriedades e sua baixa toxicidade, serviu muito rapidamente como um método alternativo ao brometo de etídio (BET) ou marcação radioativa para um grande número de métodos, incluindo a detecção de DNA e RNA em géis. De poliacrilamida ou de agarose , convencional, em campo pulsado ou "sensível", pré ou pós-etiquetado. Também possibilita a quantificação de ácidos nucléicos em solução e, por ter pouca interferência na reação em cadeia da polimerase , é o principal marcador de sequência inespecífico utilizado na PCR em tempo real . Sua altíssima sensibilidade o torna utilizável em eletroforese capilar (detecção de até 80 femtogramas de DNA de fita dupla), em citometria de fluxo, para chips de DNA, para imagens de fluorescência. Também é utilizado para a quantificação de atividades enzimáticas (DNases, telomerases) ou de DNA de fita dupla em meio desfavorável (pela presença de inibidor de fluorescência).

Histórico

Para maior clareza, as datas correspondem à primeira publicação na área e apenas os primeiros autores são citados, estando as referências completas no capítulo Bibliografia.

• 1975  : Invenção de um teste para a detecção de mutagênicos e carcinógenos por Ames BN (revisado em um estudo de 1983 ).
• 1992  : Primeira publicação sobre marcadores fluorescentes de DNA da família de cianina assimétrica por Rye HS.
• 1993  : Primeira menção de SYBR verde que por Molecular Probes em Bioprobes n o  18 (número online até 23, para ser verificado).
• 1994  : Primeiros estudos de caracterização de SYBR green I por Jin X.
• 1994  : Primeira marcação de DNA e RNA com SYBR green I em gel de eletroforese de poliacrilamida por Singer VL.
• 1995  : Primeira marcação do produto RT-PCR em gel de eletroforese de agarose por Schneeberger CS.
• 1995  : Primeira revelação de curtas repetições em tandem em gel de poliacrilamida com um método não radioativo por Morin PA.
• 1995  : Primeira detecção de nucleases em gel sensível com SYBR green I por Jin X.
• 1995  : Primeiro uso em eletroforese capilar por Skeidsvoll J.
• 1997  : Apresentação da Patente US n o  5658751 em cianinas assimétricos por Molecular Probes. O SYBR verde eu parecia ser o componente n o  937.
• 1997  : Primeira detecção de DNA danificado em géis de agarose de campo pulsado por Kiltie AE.
• 1998  : Primeira quantificação da atividade de nuclease em difusão radial por Yasuda T.
• 2000  : Detecção de vírus por citometria de fluxo com SYBR green I por Brussaard CP.
• 2001  : quantificação de DNA de fita dupla em extratos brutos de amostras ambientais por Bachoon DS.
• 2004  : Publicação da estrutura e variabilidade do espectro de emissão SYBR green I por Zipper H.

Toxicidade e instruções de segurança

SYBR Green exibe mutagenicidade diferente de zero, mas muito inferior ao brometo de etídio . No entanto, as precauções usuais devem ser mantidas.

Notas e referências

1. massa molecular calculada de "  pesos atômicos dos elementos 2007  " em www.chem.qmul.ac.uk .
2. Ver Toxicidade ...
3. “  Refdoc  ” , em www.refdoc.fr (acessado em 20 de abril de 2018 )

Bibliografia

Bibliografia francesa

Bibliografia inglesa

• Ames BN, J McCann, Yamasaki E, Os métodos para a detecção de agentes cancerígenos e agentes mutagénicos com o / ensaio de mutagenicidade de Salmonella mamíferos-microssoma . 1975, Mutation Research 31: 347-364.
• Bachoon DS, Otero E, Hodson RE, Efeitos de substâncias húmicas na quantificação fluorométrica de DNA e hibridização de DNA . 2001. J. Microbiol. Methods, 47: 73–82.
• Brussaard CP, Marie D, Bratbak G, Flow citométrico detecção de vírus . 2000. J. Virol. Métodos, 85: 175-182
• Jin X, Yue S, Wells KS, Singer VL, SYBRTM Green I: um novo corante fluorescente otimizado para a detecção de quantidades de picograma de DNA em géis . 1994. Biophys. J. 66: A159.
• Jin X, Yue S, Singer VL, Ensaios de gel altamente sensíveis para a detecção de nucleases . 1995. FASEB J. 9: A1400.
• Kiltie AE, Ryan AJ, coloração SYBR Green I de géis de agarose de campo pulsado é uma maneira sensível e barata de quantificar quebras de fita dupla de DNA em células de mamíferos . 1997. Nucleic Acids Res. 25: 2945–2946.
• Maron DM, Ames B, métodos revisados ​​para o teste de mutagenicidade de Salmonella , 1983, Mutation Research 113: 173-215.
• Morin PA, Smith DG, detecção não radioativa de repetições de sequência simples hipervariáveis ​​em géis curtos de poliacrilamida . 1995. BioTechniques 19: 223–227.
• Ohta T, Tokishita S, Yamagata H, brometo de etídio e SYBR Green I aumentam a genotoxicidade da irradiação UV e mutagênicos químicos em E. coli . 2001, Mutation Research ,31 de maio ; 492 (1-2): 91-7.
• Rye HS, Yue S, Wemmer DE, Quesada MA, Haugland RP, Mathies RA, Glazer AN, Complexos fluorescentes estáveis ​​de DNA de fita dupla com corantes de cianina assimétricos bis-intercalantes: propriedades e aplicações . 1992. Nucleic Acids Res. 20: 2803-2812.
• Schneeberger CS, Speiser P, Kury F, Zeillinger R, Detecção quantitativa de transcriptase reversa - produtos de PCR por meio de uma nova e sensível coloração de DNA, Métodos de PCR . 1995. Appl. 4: 234-238.
• Singer VL, Jin X, Ryan D, Yue S, SYBRTM Green corantes: manchas ultrassensíveis para detecção de DNA e RNA em géis eletroforéticos . 1994. Biomed. Produtos 19: 68–72.
• Singer VL, Lawlor TE, Yue S, comparação de mutagenicidade de coloração em gel de ácido nucleico SYBR Green I e mutagenicidade de brometo de etídio no ensaio de mutação reversa de microssomo de mamíferos / Salmonella (teste de Ames) . 1999, Mutation Research 439: 37-47.
• Skeidsvoll J, Ueland PM, Análise de DNA de fita dupla por eletroforese capilar com detecção de fluorescência induzida por laser usando o corante SYBR Green I monomérico . 1995. Anal. Biochem. 231: 359–365.
• Yasuda t, Takeshita H, Nakazato E, Nakajima S, S Hosomi, Nakashima Y, K Kishi, Medição da actividade para desoxirribonucleases I e II com sensibilidade picograma de ADN com base em SYBR Green I fluorescência . 1998. Anal. Biochem. 255: 274–276.
• Zipper H, Brunner H, Bernhagen J, Vitzthum F, Investigations on DNA intercalation and surface binding by SYBR Green I, sua determinação de estrutura e implicações metodológicas . 2004. Nucleic Acids Res.  ; 32: e103.

Artigo relacionado

• SYBR seguro