Afonso Álvares , (15? -1580) foi um arquitecto e engenheiro militar português.
Alfonso Álvares fez a Sé Catedral de Leiria entre 1551 e 1574 e a Sé Catedral de Portalegre a partir de 1556.
Em 1537 fez o chafariz da Praça Giraldo, em Évora , abastecido pelo aqueduto da Prata mandado construir por Francisco de Arruda e inaugurado em28 de março de 1537.
Foi o principal arquitecto da Igreja de São Roque, em Lisboa , entre 1565 e 1573. A igreja foi concluída por Filippo Terzi .
Foi o responsável pela segunda fase de construção do aqueduto da Amoreira , na freguesia de São Brás e São Lourenço, em Elvas , em 1571, iniciada por Francisco de Arruda .
Ele foi nomeado " obras-primas das fortificações " pelo rei Sebastião I st . A partir de 1572, realiza obras de modernização e ampliação do Forte de Santiago do Outão, em Setúbal . Ele introduziu inovações criando uma avenida ou bastião para ter canhões.
Em 1571 começou a trabalhar na planta dos edifícios do mosteiro beneditino, Mosteiro de S. Bento da Saúde, mas foi substituído após a sua morte para a realização, iniciada em 1598, por Baltazar Álvares (1560 - 1630) quem talvez tenha sido seu sobrinho. Destruída durante o terremoto de Lisboa, passou a ser o Palácio de São Bento , sede do parlamento português, após o desaparecimento das ordens religiosas.