Um nucleomorfo é um pequeno núcleo vestigial presente entre os pares de membranas internas e alguns plastídios externos entre unicelulares eucarióticos do ramo ( filo ) de criptófitos e subfilo de cloraracniófitos . A análise da organização genômica e da filogenia molecular desses nucleomorfos tende a mostrar que são resquícios de núcleos de algas vermelhas para os primeiros e de algas verdes.para os últimos, que teriam sido incluídos nesses microrganismos por endocitose : o fato de estarem localizados entre dois pares de membranas apóia a teoria endossimbiótica da formação de plastídios - e em particular de cloroplastos - e mitocôndrias por incorporação de bactérias livres nas células maiores em que teriam se tornado endossimbiontes ; seria mais precisamente aqui uma endossimbiose secundária resultante da incorporação de uma alga fotoautotrófica por um procarioto formando o plastídeo , cujo nucleomorfo seria o vestígio do núcleo, o próprio plastídeo posteriormente incorporado em um eucarioto hospedeiro para formar o microorganismo atual.
Os genomas dos nucleomorfos estão entre os menores já sequenciados . Após a endocitose de algas vermelhas e verdes, respectivamente, em seu hospedeiro criptófito e cloraracniófito, seu genoma foi simplificado para atingir um tamanho comparável de genomas maiores, retendo apenas três cromossomos, enquanto muitos genes foram transferidos para o genoma do hospedeiro ou então totalmente perdidos.
As sucessivas endossimbioses na origem desses microrganismos conferem-lhes uma organização genômica particularmente complexa, com quatro genomas diferentes: