Proteasome
Os proteassomas são multiproteínas enzimáticas complexas que são encontradas em eucariotos , as arqueas e em algumas bactérias da ordem Actinomycetales . Nas células eucarióticas, é encontrado no citosol e está associado ao retículo endoplasmático e também ao núcleo. Sua principal função é degradar proteínas mal dobradas , desnaturadas ou obsoletas de maneira direcionada. Essa degradação ocorre por meio da proteólise , uma reação química que corta as ligações peptídicas e é realizada por enzimas chamadas proteases . A proteína é então cortada em longos peptídeos de 7 a 9 aminoácidos que serão hidrolisados fora do proteassoma e reciclados. As proteínas são marcadas para degradação por uma proteína chamada ubiquitina . Essa marcação é realizada pela ação coordenada de três tipos de enzimas. Uma vez realizada a marcação com a primeira molécula de ubiquitina, outras ubiquitinas serão adicionadas posteriormente. Será necessária uma cadeia de pelo menos quatro ubiquitinas para o proteassoma 26S reconhecer a proteína a ser degradada. Existe um compartimento para este.
O proteassoma tem a forma de um barril e possui uma cavidade em seu centro rodeada por quatro anéis, proporcionando um espaço fechado para a digestão das proteínas. Cada anel é composto por sete proteínas : os dois anéis internos são compostos por sete subunidades β que contêm o sítio ativo da protease, enquanto os dois anéis externos contêm sete subunidades α cujo papel é manter a abertura através da qual as proteínas ser degradado entrar no barril: essas subunidades α são capazes de reconhecer os marcadores de poliubiquitina que regulam o processo de degradação. O conjunto é conhecido como complexo proteassoma-ubiquitina.
A degradação proteassomal é uma parte essencial de muitos processos celulares, incluindo o ciclo celular , a expressão gênica e a resposta ao estresse oxidativo . A importância da degradação proteolítica e o papel da ubiquitina quando foi formalizada com a entrega do Prêmio Nobel de Química em 2004 a Aaron Ciechanover , Avram Hershko e Irwin Rose . A regulamentação do proteassoma ainda é objeto de intensa pesquisa hoje.
Descoberta
Até a descoberta do complexo ubiquitina-proteassoma, acreditava-se que a degradação de proteínas nas células se baseava principalmente em lisossomas , organelas ligadas à membrana celular e cujo interior ácido é preenchido com proteases que podem degradar e reciclar células. Proteínas exógenas e desgastadas ou danificadas organelas. Novo trabalho sobre a degradação de proteínas dependente de ATP em reticulócitos, sem lisossomos, sugeriu a presença de um mecanismo intracelular alternativo para controlar essa degradação: este, composto por várias cadeias proteicas distintas, foi descrito pela primeira vez em 1978 . A pesquisa subsequente sobre a modificação das histonas permitiu a identificação de uma modificação covalente inesperada entre uma lisina e uma glicina N-terminal da ubiquitina , cuja função era desconhecida na época. Em seguida, fizemos a ligação com uma proteína recentemente descoberta e conhecida sob o nome de fator proteolítico dependente de ATP 1 ( fator de proteólise dependente de ATP 1 , ou mais simplesmente APF-1), que era, portanto, uma com a ubiquitina.
A maior parte do trabalho inicial que levou à identificação do proteassoma ocorreu nas décadas de 1970 e 80 no Technion , no laboratório de Avram Hershko, onde Aaron Ciechanover era aluno de doutorado. O ano sabático tirado por Hershko dentro do grupo de Irwin Rose no Fox Chase Cancer Center, na Filadélfia, permitiu o desenvolvimento de novas abordagens conceituais, embora Rose tenha relativizado amplamente seu papel nessa descoberta. De qualquer forma, os três pesquisadores compartilharam o Prêmio Nobel de Química em 2004 por sua descoberta.
O uso da microscopia eletrônica em meados da década de 1980 revelou a estrutura de anéis empilhados do proteassoma, mas a estrutura de uma das subunidades (20S) não foi resolvida pela cristalografia até 1994 . Nenhuma estrutura completa mostrando a interação entre o centro ativo e a proteína alvo ainda foi resolvida (Março de 2007), embora tenham sido desenvolvidos modelos que dão uma boa ideia de como o complexo funciona.
Estrutura e organização
Os componentes do proteassoma são nomeados após seu coeficiente de sedimentação de Svedberg (denotado S ). A forma mais comum é o proteassoma 26S com uma massa molecular de 2.000 kilodaltons e que contém um núcleo catalítico em forma de barril, 20S e dois complexos reguladores 19S colocados em cada lado dele.
O centro é oco e forma a cavidade no coração da qual as proteínas são degradadas, após entrar por uma das duas extremidades, esta última se associando a uma subunidade reguladora 19S contendo sítios ativos de ATPase e sítios de ligação da ubiquitina. Essa estrutura reconhece proteínas poliubiquitinadas e as transfere para o centro catalítico. Outra subunidade (11S) também pode se associar a ela, da mesma forma que um complexo 19S: foi postulado que 11S desempenharia um papel na degradação de peptídeos "estranhos", como aqueles produzidos durante a infecção por um vírus .
Núcleo catalítico 20S
O número e a variedade de subunidades que constituem o complexo 20S depende do organismo do qual faz parte, entendendo-se que o número de subunidades distintas e seu grau de especialização é maior em multicelulares do que em unicelulares , portanto, do que em eucariotos em comparação com procariotos . No entanto, todos os 20S são compostos por quatro estruturas heptaméricas circulares, elas próprias compostas por dois tipos distintos de subunidades: os dois anéis externos das subunidades α servem para a regulação e têm um papel bastante estrutural (regulação das proteínas de acesso no coração do proteassoma ), enquanto as sete subunidades β dos dois anéis internos carregam atividade catalítica através dos locais ativos das proteases que contêm.
O tamanho do proteassoma se conservou relativamente bem durante a evolução , medindo aproximadamente 150 angstroms (Å) de comprimento por 115 Å de diâmetro. O centro ativo não tem mais que 53 Å, mas às vezes seu caminho tem apenas 13 Å de largura - portanto, é provável que as proteínas já estejam parcialmente desnaturadas para interagir com os locais ativos.
Nos eucariotos (como o fermento ), as sete subunidades são diferentes umas das outras, enquanto nas archaea são todas semelhantes. As bactérias, com exceção da ordem Actinomycetales , não têm um proteassoma 20S, mas um complexo análogo denominado Hs1v com um sítio catalítico aberto. Nos eucariotos, apenas três subunidades β são ativas, mas têm especificidades de clivagem diferentes: do tipo tripsina para os aminoácidos básicos, quimiotripsina para os aminoácidos aromáticos e caspase para os aminoácidos ácidos. Em mamíferos, por exemplo, são as subunidades β1, β2 e β5 que são catalíticas. As variantes denotadas β1i, β2i e β5i podem ser expressas em células hematopoiéticas em resposta a sinais inflamatórios , tais como citocinas , em particular interferões gama . Um proteassoma composto por essas subunidades é denominado imunoproteassoma , cuja especificidade de substrato é alterada em comparação com um proteassoma "normal".
Complexo regulatório 19S
O complexo 19S é composto por 17 proteínas distintas e tem duas zonas: uma "base" de 9 proteínas adere ao anel α de 20S e tem atividade ATPase em 6 de seus 9 constituintes (esta é a presença de ' ATP que permite a associação de 19S e 20S); a outra parte (8 proteínas), forma uma "tampa" mais flexível que serve de cobertura para a entrada no sítio catalítico. É esse complexo que reconhece a cadeia de poliubiquitina. Participa do desdobramento da proteína e também de sua translocação no coração do 20S, e também contém uma isopeptidase que removerá a cadeia da ubiquitina da proteína, embora ainda não se saiba exatamente se a energia liberada pela hidrólise do ATP serve para desdobrar, abrir o canal central, ou ambos.
Os diferentes constituintes do complexo 19S têm sua própria atividade regulatória: Gankyrin , uma oncoproteína recentemente descoberta, é um elemento 19S que também interage com a quinase dependente de ciclina CDK4 e desempenha um papel no reconhecimento da versão ubiquitinada de p53 por meio de seu afinidade com MDM2 ubiquitina ligase . Gankyrin é anti- apoptótica e tem sido mostrado a ser sobre-expressa em certos tipos de tumores , tais como carcinoma hepatocelular .
Complexo regulatório 11S
Finalmente, existe o chamado complexo heptamérico 11S “ativador” que pode se combinar com o 20S. Estimula a atividade da peptidase do proteassoma, mas é incapaz de reconhecer a ubiquitina e não possui ATPase ativada. Ele poderia desempenhar um papel na degradação de peptídeos virais, mas não de proteínas maiores. Esta estrutura 11S às vezes pode ser encontrada sob o termo PA28 ou REG. O mecanismo usado para se ligar ao 20S por meio de seu terminal C e abrir o acesso ao núcleo do proteassoma ao promover uma mudança na conformação dos anéis α parece ser muito próximo, senão semelhante, ao usado pelo complexo 19S.
A expressão de 11S é induzida pelo interferon gama e, em associação com as subunidades β do imunoproteassoma, provoca a geração de peptídeos que se ligarão ao complexo principal de histocompatibilidade .
A estrutura do complexo 26S ainda não foi elucidada em 2006, mas acredita-se que os complexos 11S e 19S se liguem de maneira semelhante ao complexo 20S.
conjunto
A montagem do proteassoma é um processo complexo devido ao número de subunidades que devem se combinar para formar um complexo ativo. As subunidades β são sintetizadas com um "propeptídeo" N-terminal que será modificado durante a montagem do complexo 20S a fim de expor o sítio protelítico ativo. 20S é então montado a partir de dois meiosproteasomas, cada um consistindo em um proto-anel β de sete componentes e ligado a um heptâmero α.
A associação dos dois anéis β desencadeia uma autólise dos propeptídeos dependente da treonina , expondo assim o sítio ativo. Essas interações entre β são essencialmente o resultado de pontes de sal e interações hidrofóbicas entre hélices alfa conservadas (sua mutação reduz a capacidade de montagem do proteassoma). A associação de meio-proteassomas é iniciada pelo agrupamento de subunidades α em heptâmeros. O método de montagem do último ainda não foi caracterizado.
Em geral, muito menos se sabe sobre o método de montagem e maturação do complexo regulatório 19S. As subunidades podem se agrupar em dois componentes distintos, uma base ATPase e uma tampa específica para ubiquitina. As seis ATPases seriam montadas em pares por meio de interações de bobinas em espiral . A ordem em que as 19 subunidades do complexo regulatório se agrupam provavelmente está relacionada a um mecanismo que impede a exposição do sítio ativo até que o próprio mecanismo regulador esteja instalado.
Processo de degradação de proteínas
Ubiquitinação
Ubiquitina é uma proteína de 76 aminoácidos altamente conservada em eucariotos. Ele serve como um sinal de reconhecimento de degradação pelo proteassoma 26S. Ele é ligado à proteína a ser destruída por uma ligação covalente entre um dos resíduos de cisteína de sua parte C-terminal e um grupo NH2 de uma lisina da proteína-alvo. Outras ubiquitinas podem então se anexar a um resíduo de lisina da primeira ubiquitina para formar uma cadeia. Na verdade, apenas proteínas ligadas a uma cadeia de pelo menos quatro moléculas de ubiquitina são reconhecidas pelo proteassoma 26S.
Essas operações são realizadas com a ajuda de três outros tipos de enzimas (observadas E1, E2 e E3):
- A enzima ativadora da ubiquitina (E1) ativa a ubiquitina na presença de ATP, formando uma ligação tioléster entre um resíduo de cisteína de seu sítio catalítico e a ubiquitina, e então transfere a ubiquitina ativada para o 'um dos E2s.
- A enzima de conjugação da ubiquitina (E2), mais uma vez modifica a ubiquitina ao formar uma ligação tioléster e é capaz de anexar a ubiquitina à proteína-alvo em geral com a ajuda de um E3.
- A ubiquitina ligase (E3), desempenha um papel no reconhecimento entre a ubiquitina e as diferentes proteínas-alvo.
Um dos domínios da ubiquitina então reconhece o complexo 19S do proteassoma. Após ser removida pelo proteassoma, a cadeia de poliubiquitina é cortada para ser reutilizada. A monoubiquitinação de proteínas também está envolvida em outros processos, incluindo endocitose e exocitose.
Ubiquitinação e segmentação
As proteínas são direcionadas para degradação pelo proteassoma por meio da modificação covalente de um resíduo de lisina que requer as ações coordenadas de três enzimas . Primeiro, uma enzima ativadora de ubiquitina (conhecida como E1) hidrolisa ATP e adenila uma molécula de ubiquitina. Em seguida, a molécula é transferida para os resíduos de cistesina do sítio ativo de E1, juntamente com a adenilação de uma segunda molécula de ubiquitina. Esta molécula adenilada é subsequentemente transferida para a cisteína de uma segunda enzima (E2). Então, um membro de uma classe muito diversa de enzimas conhecidas como ubiquitina (E3) ligases reconhece a proteína específica que deve ser "ubiquitada" e catalisa a transferência de ubiquitina de E2 para a proteína alvo. Uma proteína alvo deve ser marcada com pelo menos quatro monômeros de ubiquitina (na forma de uma cadeia de poliubiquitina) antes de ser reconhecida por uma das duas extremidades do proteassoma. É, portanto, a proteína E3 que confere o substrato específico ao sistema. O número de proteínas E1, E2 e E3 expressas depende do organismo e do tipo de célula, mas existem muitas enzimas E3 diferentes presentes em humanos, indicando um imenso número de alvos para o sistema D. 'ubiquitina.
O mecanismo pelo qual uma proteína poliubiquitinada é transportada para o proteassoma não é totalmente compreendido. As proteínas receptoras de ubiquitina têm uma zona do tipo "semelhante à ubiquitina" (UBL) do terminal N e uma ou mais zonas associadas à ubiquitina (UBA para "associada à ubiquitina"). As zonas UBL são reconhecidas pelas cápsulas 19S do proteassoma e as zonas UBA ligam a ubiquitina por meio de feixes de três hélices. Essas proteínas receptoras provavelmente acompanham as proteínas poliubiquitinadas ao proteassoma, embora os detalhes dessas interações e sua regulação não sejam claros.
A proteína ubiquitina é composta por 76 aminoácidos e deve seu nome à sua natureza onipresente, pois tem uma sequência altamente conservada e é encontrada em todos os organismos eucarióticos conhecidos.
Os genes que codificam a ubiquitina em eucariotos são arranjados em pares, certamente por causa da alta demanda desses genes para produzir ubiquitina suficiente para as células. A hipótese é que a ubiquitina é a proteína de evolução mais lenta identificada até o momento.
Processo e transferência
Parte do texto em inglês a ser traduzido para o francês
Texto em inglês para traduzir:
Ubiquitinação e segmentação
As proteínas são direcionadas para degradação pelo proteassoma por modificação covalente de um resíduo de lisina que requer as reações coordenadas de três enzimas . Na primeira etapa, uma enzima ativadora de ubiquitina (conhecida como E1) hidrolisa ATP e adenila uma molécula de ubiquitina. Este é então transferido para o resíduo de cisteína do sítio ativo de E1 em conjunto com a adenilação de uma segunda ubiquitina. Esta ubiquitina adenilada é então transferida para uma cisteína de uma segunda enzima, a enzima de conjugação da ubiquitina (E2). Por último, um membro de uma classe altamente diversa de enzimas conhecidas como ubiquitina ligases (E3) reconhece a proteína específica a ser ubiquitinada e catalisa a transferência de ubiquitina de E2 para esta proteína alvo. Uma proteína alvo deve ser marcada com pelo menos quatro monômeros de ubiquitina (na forma de uma cadeia de poliubiquitina) antes de ser reconhecida pela tampa do proteassoma. É, portanto, o E3 que confere especificidade de substrato a este sistema. O número de proteínas E1, E2 e E3 expressas depende do organismo e do tipo de célula, mas existem muitas enzimas E3 diferentes presentes em humanos, indicando que há um grande número de alvos para o sistema proteassoma da ubiquitina.
O mecanismo pelo qual uma proteína poliubiquitinada é direcionada ao proteassoma não é totalmente compreendido. As proteínas receptoras de ubiquitina têm um domínio do tipo ubiquitina N-terminal (UBL) e um ou mais domínios associados à ubiquitina (UBA). Os domínios UBL são reconhecidos pelos caps do proteassoma 19S e os domínios UBA ligam a ubiquitina por meio de feixes de três hélices . Essas proteínas receptoras podem escoltar proteínas poliubiquitinadas para o proteassoma, embora as especificações dessa interação e sua regulação não sejam claras.
A própria proteína ubiquitina tem 76 aminoácidos e foi nomeada devido à sua natureza ubíqua, pois tem uma sequência altamente conservada e é encontrada em todos os organismos eucarióticos conhecidos. Os genes que codificam a ubiquitina em eucariotos são arranjados em repetições tandem , possivelmente devido às grandes demandas de transcrição desses genes para produzir ubiquitina suficiente para a célula. Foi proposto que a ubiquitina é a proteína de evolução mais lenta identificada até o momento.
Desdobramento e translocação
Depois que uma proteína foi ubiquitinada, ela é reconhecida pela partícula reguladora 19S em uma etapa de ligação dependente de ATP. A proteína substrato deve então entrar no interior da partícula 20S para entrar em contato com os sítios proteolíticos ativos. Como o canal central da partícula 20S é estreito e fechado pelas caudas N-terminais das subunidades do anel α, os substratos devem ser pelo menos parcialmente desdobrados antes de entrarem no núcleo. A passagem do substrato desdobrado para o interior do núcleo é chamada de translocação e ocorre necessariamente após a desubiquitinação. No entanto, a ordem em que os substratos são desubiquitinados e desdobrados ainda não está clara. Qual desses processos é a etapa limitante da taxa na reação de proteólise geral depende do substrato específico; para algumas proteínas, o processo de desdobramento é limitante da taxa , enquanto a desubiquitinação é a etapa mais lenta para outras proteínas. A extensão em que os substratos devem ser desdobrados antes da translocação não é conhecida, mas a estrutura terciária substancial e, em particular, as interações não locais, como ligações dissulfeto , são suficientes para inibir a degradação.
O portão formado pelas subunidades α evita que os peptídeos com mais do que cerca de quatro resíduos entrem no interior da partícula 20S. As moléculas de ATP ligadas antes da etapa inicial de reconhecimento são hidrolisadas antes da translocação, embora haja desacordo se a energia é necessária para o desdobramento do substrato ou para a abertura do portão. O proteassoma 26S montado pode degradar proteínas não dobradas na presença de um análogo de ATP não hidrolisável , mas não pode degradar proteínas dobradas, indicando que a energia da hidrólise de ATP é usada para o desdobramento do substrato. A passagem do substrato desdobrado através da porta aberta ocorre via difusão facilitada se o cap 19S estiver no estado ligado ao ATP.
O mecanismo de desdobramento das proteínas globulares é necessariamente geral, mas um tanto dependente da sequência de aminoácidos . Foi demonstrado que longas sequências de alternância de glicina e alanina inibem o desdobramento do substrato, diminuindo a eficiência da degradação proteassomal; isso resulta na liberação de subprodutos parcialmente degradados, possivelmente devido ao desacoplamento da hidrólise do ATP e etapas de desdobramento. Essas repetições de glicina-alanina também são encontradas na natureza, por exemplo, na fibroína de seda ; em particular, certos produtos do gene do vírus Epstein-Barr portando esta sequência podem paralisar o proteassoma, ajudando o vírus a se propagar ao prevenir a apresentação do antígeno no complexo principal de histocompatibilidade .
Proteólise
O mecanismo de proteólise pelas subunidades β da partícula central 20S é através de um ataque nucleofílico dependente da treonina . Este mecanismo pode depender de uma molécula de água associada para a desprotonação do hidroxil de treonina reativo . A degradação ocorre dentro da câmara central formada pela associação dos dois anéis β e normalmente não libera produtos parcialmente degradados, em vez disso, reduz o substrato a polipeptídeos curtos, tipicamente de 7-9 resíduos de comprimento, embora possam variar de 4 a 25 resíduos, dependendo do organismo e substrato. O mecanismo bioquímico que determina o comprimento do produto não está totalmente caracterizado. Embora as três subunidades β catalíticas compartilhem um mecanismo comum, elas têm especificidades de substrato ligeiramente diferentes, que são consideradas semelhantes à quimiotripsina , semelhante à tripsina e semelhante à hidrólise de peptidil-glutamil peptídeo (PHGH). Essas variações na especificidade são o resultado de contatos interatômicos com resíduos locais próximos aos sítios ativos de cada subunidade. Cada β catalítico também possui um resíduo de lisina conservado necessário para a proteólise.
Embora o proteassoma normalmente produza fragmentos de peptídeos muito curtos, em alguns casos esses produtos são eles próprios biologicamente ativos e moléculas funcionais. Certos fatores de transcrição , incluindo um componente do complexo de mamífero NF-κB , são sintetizados como precursores inativos cuja ubiquitinação e degradação proteassomal subsequente os converte em uma forma ativa. Tal atividade requer que o proteassoma clive a proteína substrato internamente: em vez de degradá-la processamente em um terminal. Foi sugerido que longos loops nas superfícies dessas proteínas servem como substratos proteassomais e entram na cavidade central, enquanto a maioria da proteína permanece fora. Efeitos semelhantes foram observados em proteínas de levedura ; este mecanismo de degradação seletiva é conhecido como processamento dependente de ubiquitina / proteassoma regulado (RUP).
Degradação independente de ubiquitina
Embora a maioria dos substratos proteassomais devam ser ubiquitinados antes de serem degradados, há algumas exceções a essa regra geral, especialmente quando o proteassoma desempenha um papel normal no processamento pós- tradução da proteína. A activação proteossómica de NF-kB por processamento de p105 em p50 através de proteólise interno é um importante exemplo. Algumas proteínas que são hipotetizadas como instáveis devido a regiões intrinsecamente não estruturadas , são degradadas de maneira independente da ubiquitina. O exemplo mais conhecido de um substrato de proteassoma independente de ubiquitina é a enzima ornitina descarboxilase . Mecanismos independentes de ubiquitina direcionados a reguladores chave do ciclo celular , como p53 , também foram relatados, embora p53 também esteja sujeito à degradação dependente de ubiquitina. Finalmente, proteínas estruturalmente anormais, mal dobradas ou altamente oxidadas também estão sujeitas à degradação independente de ubiquitina e independente de 19S sob condições de estresse celular.
Traduzir este texto • Ferramentas • (+)Depois que uma proteína foi marcada com uma cadeia de ubiquitina, ela é reconhecida pelo complexo regulador 19S que se liga a ela consumindo ATP. O substrato da proteína deve então entrar no complexo 20S para entrar em contato com os sítios ativos da enzima. Devido ao congestionamento do poro central do complexo 20S devido às extremidades N-terminais das subunidades, o substrato deve ser parcialmente desdobrado para poder penetrar no proteassoma. A passagem da proteína desdobrada dentro do complexo 20S é chamada de translocação e ocorre somente após a remoção da cadeia da ubiquitina da proteína. Deve-se notar que a ordem em que a proteína é desdobrada e então desubiquitinada ainda não está clara.
Alvo terapêutico
Diversas moléculas foram desenvolvidas como drogas que atuam como inibidores do proteassoma. O primeiro a ser comercializado é o bortezomibe .
Notas e referências
- Peters JM, Franke WW, Kleinschmidt JA. (1994) Subcomplexes distintos 19S e 20S do proteassoma 26S e sua distribuição no núcleo e no citoplasma. J Biol Chem , 11 de março; 269 (10): 7709-18. .
- Lodish, H, Berk A, P Matsudaira, Kaiser CA, Krieger M, Scott MP, Zipursky SL, Darnell, J. (2004). Molecular Cell Biology , 5a ed., Cap. 3, pág. 66-72 . Nova York: WH Freeman. ( ISBN 0716743663 ) .
- “ 2004 Nobel Prize Winners, no site do Comitê Nobel ” .
- Ciehanover A, Hod Y, Hershko A. (1978). Um componente polipeptídico estável ao calor de um sistema proteolítico dependente de ATP de reticulócitos. Biochemical and Biophysical Research Communications 81 (4): 1100-1105. .
- Ciechanover A. (2000). Primeiros trabalhos sobre o sistema ubiquitina proteassoma, uma entrevista com Aaron Ciechanover. A morte celular é diferente. Set; 12 (9): 1167-77. .
- Hershko A. (2005). Primeiros trabalhos sobre o sistema ubiquitina proteassoma, uma entrevista com Avram Hershko. A morte celular é diferente. 12, 1158–1161. .
- Kopp F, Steiner R, Dahlmann B, Kuehn L, Reinauer H. (1986). Tamanho e formato da proteinase multicatalítica do músculo esquelético de rato. Biochim Biophys Acta 872 (3): 253-60. .
- J. Löwe, D. Stock, B. Jap, P. Zwickl, W. Baumeister, R. Huber, “Crystal Structure of the 20S Proteasome from the Archaeon T. acidophilum em 3.4 Å Resolution”, em Science , vol. 268, 1995, p. 533-539 . .
- Groll M, Huber R, Potts BC (2006). As estruturas cristalinas da Salinosporamida A (NPI-0052) e B (NPI-0047) em complexo com o proteassoma 20S revelam consequências importantes da abertura do anel da beta-lactona e um mecanismo de ligação irreversível. J Am Chem Soc. 128 (15): 5136-41. .
- Wang J, Maldonado MA. (2006). O sistema ubiquitina-proteassoma e seu papel nas doenças inflamatórias e autoimunes. Cell Mol Immunol 3 (4): 255. .
- Nandi D, Tahiliani P, Kumar A, Chandu D. (2006). O sistema ubiquitina-proteassoma. J Biosci Mar; 31 (1): 137-55. .
- Heinemeyer W, Fischer M, Krimmer t, Stachon L, Wolf DH. (1997). Os locais ativos do proteassoma 20S eucariótico e seu envolvimento no processamento do precursor da subunidade J Biol Chem 272 (40): 25200-25209. .
- Liu CW, Li X, Thompson D, Wooding K, Chang TL, Tang Z, Yu H, Thomas PJ, DeMartino GN. (2006). A ligação de ATP e a hidrólise de ATP desempenham papéis distintos na função do proteassoma 26S. Mol Cell 6 de outubro; 24 (1): 39-50. .
- Lam YA, Lawson TG, Velayutham H, Zweier JL, Pickart CM. (2002). Uma subunidade proteassomal ATPase reconhece o sinal de degradação da poliubiquitina. Nature 416 (6882): 763-7. .
- Sharon M, Taverner t, Ambroggio XI, Deshaies RJ, Robinson CV. (2006). Organização Estrutural da Tampa Proteassoma 19S: Insights de MS de Complexos Intactos. PLoS Biol Aug; 4 (8): e267. .
- Higashitsuji H, Liu Y, Mayer RJ, Fujita J. (2005). A oncoproteína gankirina regula negativamente o p53 e o RB, aumentando a degradação proteassomal. Cell Cycle 4 (10): 1335-7. .
- Forster A, Masters EI, Whitby FG, Robinson H, Hill CP. (2005). A estrutura de 1,9 Å de um complexo ativador Proteasome-11S e implicações para as interações Proteasome-PAN / PA700. Mol Cell de 27 de maio; 18 (5): 589-99. .
- Witt S, Kwon YD, Sharon M, Felderer K, Beuttler M, Robinson CV, Baumeister W, Jap BK. (2006). A montagem do Proteasome aciona uma chave necessária para a maturação do local ativo. Structure Jul; 14 (7): 1179–1188. .
- Kruger E, Kloetzel PM, Enenkel C. (2001). Biogênese do proteassoma 20S. Biochemistry Mar-Abr; 83 (3-4): 289-93. .
- Gorbea C, Taillandier D, Rechsteiner M. (1999). Montagem do complexo regulatório do proteassoma 26S. Mol Biol Rep Abr; 26 (1-2): 15-9. .
- Haas AL, Warms JV, Hershko A, Rose IA. Enzima ativadora da ubiquitina: mecanismo e papel na conjugação proteína-ubiquitina. J Biol Chem 1982, 10 de março; 257 (5): 2543 ± 8. .
- Lançador JS, Hoffman L, Rechsteiner M, Pickart CM. (2000). Reconhecimento do sinal proteolítico da poliubiquitina. EMBO J 19, 94–102.
- Risseeuw EP, Daskalchuk TE, Banks TW, Liu E, Cotelesage J, Hellmann H, Estelle M, Somers DE, Crosby WL. Análise de interação de proteínas de subunidades de ubiquitina E3 ligase de SCF de Arabidopsis. Plant J. Jun 2003; 34 (6): 753-67. .
- Elsasser S, Finley D. (2005). Entrega de substratos ubiquitinados para máquinas de desdobramento de proteínas. Nat Cell Biol 7 (8): 742-9.
- Sharp PM, Li WH. (1987). Genes da ubiquitina como paradigma de evolução combinada de repetições em tandem. J Mol Evol 25 (1): 1432–1432.
- Zhu Q, Wani G, Wang QE, El-mahdy M, Snapka RM, Wani AA. (2005). A desubiquitinação por proteassoma é coordenada com a translocação do substrato para proteólise in vivo. Exp Cell Res 307 (2): 436-51. .
- Wenzel T, Baumeister W. (1995). Restrições conformacionais na degradação de proteínas pelo proteassoma 20S. Nat Struct Mol Biol 2: 199-204.
- Smith DM, Kafri G, Cheng Y, Ng D, Walz T, Goldberg AL. (2005). A ligação do ATP à PAN ou às 26S ATPases causa associação com o proteassoma 20S, abertura do portão e translocação de proteínas não dobradas. Mol Cell 20 (5): 687-98.
- Smith DM, Benaroudj N, Goldberg A. (2006). Proteassomas e suas ATPases associadas: uma combinação destrutiva. J Struct Biol 156 (1): 72–83.
- Hoyt MA, Zich J, Takeuchi J, Zhang M, Govaerts C, Coffino P. (2006). A glicina-alanina repete o desdobramento de substrato adequado pelo proteassoma. EMBO J 25 (8): 1720–9.
- Zhang M, Coffino P. (2004). A sequência repetida da proteína do antígeno nuclear 1 codificada pelo vírus Epstein-Barr interrompe o processamento do substrato do proteassoma. J Biol Chem 279 (10): 8635-41.
- Voges D, Zwickl P, Baumeister W. (1999). O proteassoma 26S: uma máquina molecular projetada para proteólise controlada. Annu Rev Biochem 68: 1015–1068.
- colza H, Jentsch S. (2002). Dando uma mordida: processamento de proteínas proteassomais. Nat Cell Biol 4 (5): E113-6.
- Rape M, Jentsch S. (2004). RUPtura Produtiva: ativação de fatores de transcrição por processamento proteassomal. Biochim Biophys Acta 1695 (1-3): 209-13.
- Asher G, Reuven N, Shaul Y. (2006). Proteassomas 20S e degradação de proteínas "por padrão". Bioessays 28 (8): 844-9.
- Zhang M, Pickart CM, Coffino P. (2003). Determinantes do reconhecimento do proteassoma da ornitina descarboxilase, um substrato independente da ubiquitina. EMBO J 22 (7): 1488-96.
- Asher G, Shaul Y. (2005). Degradação proteassomal do p53: a poli-ubiquitinação não é tudo. Cell Cycle 4 (8): 1015–8.
- Shringarpure R, Grune T, Mehlhase J, Davies KJ. (2003). A conjugação de ubiquitina não é necessária para a degradação de proteínas oxidadas pelo proteassoma. J Biol Chem 278 (1): 311-8.