Coronavírus

Orthocoronavirinae

Orthocoronavirinae Descrição desta imagem, também comentada abaixo Virions de SARS-CoV . Classificação
Modelo Vírus
Domínio Riboviria
Reinado Orthornavirae
Galho Pisuviricota
Aula Pisoniviricetes
Pedido Nidovirais
Subordem Cornidovirineae
Família Coronaviridae

Subfamília

ICTV Orthocoronavirinae

Gêneros de classificação inferior

Os coronavírus ( CoV ) são vírus que constituem a subfamília Orthocoronavirinae da família Coronaviridae . O nome "coronavírus", do latim que significa "vírus da coroa", deve-se ao aparecimento de vírions sob um microscópio eletrônico , com uma franja de grandes projeções bulbosas que lembram uma coroa solar .

Os coronavírus têm um envelope viral que inclui uma cápside caracterizada por proteínas em forma de clube (chamadas espículas ). Eles têm um genoma para RNA de fita simples (ou seja, uma fita simples), para detectar positivo (grupo IV da classificação de Baltimore ), de 26 a 32 quilobases (tornando-os os maiores genomas entre vírus e RNA ). Eles são classificados entre os Nidovirales , uma ordem de vírus que produzem um conjunto aninhado de mRNAs subgenômicos após a infecção. Das espículas , um envelope , a membrana do capsídeo e contribuem para a estrutura geral de todos os coronavírus. Eles podem sofrer mutação e se recombinar.

Os morcegos e pássaros , como vertebrados voando a sangue quente , seriam os hóspedes ideais para o coronavírus liderar o desenvolvimento e disseminação do coronavírus. Os coronavírus são normalmente específicos para um táxon animal como hospedeiro, mamíferos ou pássaros, dependendo de suas espécies; mas às vezes podem mudar de hospedeiro como resultado de uma mutação . Sua transmissão de pessoa para pessoa ocorre principalmente por meio do contato próximo por meio de aerossóis respiratórios gerados por espirros, tosse ou telefone. Mais de 500 tipos de coronavírus foram isolados em morcegos e existem mais de 5.000 tipos de coronavírus.

Sete coronavírus principais são geralmente citados como capazes de infectar humanos . Um oitavo foi identificado: B814 (o primeiro coronavírus humano identificado), mas essa cepa parece não estar mais circulando.

Quatro coronavírus circulantes são considerados fontes benignas de infecção: 229E , NL63 , OC43 e HKU1 . Eles são a causa de 15 a 30% dos resfriados comuns.

Mais recentemente, três tipos de coronavírus foram identificados como responsáveis ​​por pneumonia grave  :

  1. o SARS-CoV , agente patogênico da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS) 2002-2004
  2. o MERS-CoV , o da Síndrome Respiratória do Oriente Médio de 2012
  3. o SARS-CoV-2 , o da doença coronavírus 2019 (Covid-19) apareceu na China em 2019 e responsável por uma grave pandemia em 2020-2021

Descoberta, história

O coronavírus provavelmente sido pelo menos centenas de milhões de anos, mas do ponto de vista de epidemiologia e história médica, e como zoonose é a XXI th  século levaram a importância: “cinco dos coronavírus humanos sete foram isoladas durante este século. E, infelizmente, os três últimos entraram em nossas vidas com medo de uma epidemia, uma pandemia ou morte ” .

Foi em 1930, nos Estados Unidos, que foi observada a primeira doença causada por um coronavírus, em aves . No ano seguinte, um médico descreveu em um artigo a doença que causava dificuldade respiratória na galinha e diminuição da postura e da qualidade dos ovos. Em 1937 , foi isolado o agente infeccioso, o vírus da bronquite infecciosa aviária (IBV para vírus da bronquite infecciosa ).

Em 1946 , outro coronavírus foi identificado, o Coronavírus da gastroenterite porcina transmissível (TGEV). De forma independente, em 1949 em Nova York e 1951 em Londres , duas equipes descobriram o vírus da hepatite murina em um camundongo paralisado.

Em 1965 , foi descoberto o primeiro coronavírus infectando humanos (cepa B814 ). E rapidamente, outros seguem: 229E em 1966 e OC43 em 1967 , que são a causa de resfriados mais ou menos graves de acordo com as pessoas. No ano seguinte, eles são observados sob um microscópio eletrônico por June Almeida e David Tyrrell, que demonstram a estrutura de sua coroa. A relação é feita entre todos esses vírus, e o termo "coronavírus" é usado pela primeira vez na revista Nature em 1968 .

Epidemia de XXI th  século

Pandemia do coronavírus

O último coronavírus humano (ou recentemente humanizado, provavelmente de uma ou mais cepas carregadas por morcegos) parece ter surgido em Wuhan, China, em 2019: SARS-CoV-2 . A doença que causa ( Covid-19 ) causou a primeira grande pandemia de coronavírus em poucos meses, caracterizada por um alto R 0 (2,3 em média de acordo com as estimativas disponíveis emabril de 2020, mas que parece conseguir chegar a 5,7); com uma taxa de letalidade de 6,3 (muito variável de acordo com a idade e o contexto, às vezes ultrapassando 15%).

Pandemia do coronavírus
Pandemia Datado Casos confirmados Morte Curas Subtipo envolvido
Epidemia de SARS de 2002-2004 2002-2004 8.096 774 - Sars-Cov (SARS)
Coronavírus da síndrome respiratória do Oriente Médio 2012-2014 361 107 - MERS-CoV
Pandemia de Covid-19 (em andamento) 2019-2021 + 106 903 452 (10 de fevereiro de 2021) + 2 341 010 (10 de fevereiro de 2021) + 59 755 076 (10 de fevereiro de 2021) SARS-CoV-2 (Covid-19)
Dados da pandemia de Sars-CoV-2 (2019-2021)   
Dados da pandemia Covid-19 por país e território
Locais Confirmado Morte Restaurado % de mortes por
caso confirmado 		Mortes por
milhão de hab. 		Ref
Mais de 200 179 723 542 3.894.122 - - -
Estados Unidos 33 665 482 607.476 - - -
Índia - - - - -
Brasil 18.169.881 507 109 16 483 635 2,79% 2.413
França 5.760.002 110 858 - 1,92% 1.671
Turquia 5.393.248 49.417 5.254.708 0,92% 591
Rússia 5 388 695 131.463 4 915 615 2,44% 895
Reino Unido 4.684.572 128.048 - 2,73% 1.955
Itália 4.254.294 127.322 4.054.008 2,99% 2 111
Argentina 4 328 038 90 986 3 944 260 2,1% 2.025
Alemanha 3.741.685 90 953 3.600.881 2,43% 1.094
Espanha 3.773.032 80.748 - 2,14% 1.728
Colômbia 4.027.016 101 947 3.741.459 2,53% 2.078
Irã 3 140 129 83.473 2 797 105 2,66% 1.044
Polônia 2 879 336 74 917 2.651.045 2,6% 1.952
México 2.487.747 231.847 1 979 823 9,32% 1.858
Ucrânia 2.231.914 52.181 2.157.732 2,34% 1 226
Peru 2.036.449 191.073 1.994.330 9,38% 6.503
Indonésia - - - - -
África do Sul 1 877 143 59.406 1.675.827 3,16% 996
Czechia 1.666.521 30.291 1.634.010 1,82% 2.830
Países Baixos 1.678.983 17 726 - 1,06% 1.046
Chile 1.531.872 31.797 1.468.137 2,08% 1.761
Canadá 1.413.323 26 168 1 375 596 1,85% 691
Filipinas 1.378.260 24.036 1.302.814 1,74% 238
Iraque 1.305.000 16 968 1.213.952 1,3% 443
Romênia 1.080.457 32.771 1.045.303 3,03% 1.673
Suécia 1.088.896 14.619 - 1,34% 1.408
Bélgica 1.081.061 25.149 - 2,33% 2.200
Paquistão 951 865 22.108 896.821 2,32% 102
Portugal 869 879 17.079 823 103 1,96% 1.659
Israel 840.032 6.428 832 923 0,77% 707
Hungria 807 684 29.963 735 937 3,71% 3.067
Bangladesh 872 935 13.868 794 783 1,59% 84
Japão 789.440 14 553 756.293 1,84% 115
Jordânia 739.847 9.530 721.016 1,29% 914
Sérvia 716.096 7.019 - 0,98% 1000
suíço 702.124 10.329 317.600 1,47% 1.220
Áustria 649.922 10 697 636 923 1,65% 1214
Malásia 716.847 4 721 650.964 0,66% 149
Emirados Árabes Unidos 620 309 1775 599.131 0,29% 189
Bandeira do Nepal Nepal 629.431 8 918 570 958 1,42% 294
Líbano 543.865 7 832 528 643 1,44% 1.284
Marrocos 528 180 9.265 515.030 1,75% 257
Arábia Saudita 479.390 7 730 460.338 1,61% 234
Equador 449.483 21 377 415.508 4,76% 1.286
Bulgária 421 339 18.013 393 870 4,28% 2.573
Grécia 418 943 12.575 363 915 3% 1.169
Bielo-Rússia 413.139 3.082 405.909 0,75% 330
Eslováquia 391 456 12.502 - 3,19% 2316
Cazaquistão 410 523 4.249 386.127 1,04% 232
Panamá 396.526 6.491 378.954 1,64% 1.584
Bolívia 426.748 16.329 346.879 3,83% 1.478
Croácia 359.403 8 192 350 669 2,28% 1.995
Paraguai 411 615 11 973 352.014 2,91% 1.758
Tunísia 501 923 16.494 340 834 3,66% 1 238
Georgia 361 484 5 228 347.653 1,45% 1.406
Azerbaijão 335 676 4 965 329 870 1,48% 490
Costa Rica 357.523 4.567 283 935 1,28% 931
Kuwait 344.799 1.894 324.578 0,55% 412
Uruguai 360.247 5 374 332 112 1,49% 1.555
República Dominicana 319.254 3.773 261 222 1,18% 363
Dinamarca 292 352 2.531 286.366 0,87% 443
Lituânia 278.590 4 375 267.055 1,57% 1.568
Etiópia 275.601 4.296 257.429 1,56% 41
Egito 278 761 15.967 207 411 5,73% 168
Irlanda 267.949 4.979 - 1,86% 1.046
Moldova 256.387 6.180 249.381 2,41% 2 423
Guatemala 284.741 8 845 257.397 3,11% 512
Eslovênia 257.116 4.417 - 1,72% 2 137
Honduras 255.663 6.844 92.014 2,68% 739
Bahrain 264 107 1330 256 933 0,5% 891
Venezuela 264.551 3.007 245.519 1,14% 105
Armênia 224.533 4.505 216 312 2,01% 1.537
Catar 221.378 587 218.928 0,27% 222
Omã 737.830 2.639 703 940 0,36% 546
Bósnia e Herzegovina 204.936 9 653 181.199 4,71% 2 752
Sri Lanka 246 109 2.769 211.186 1,13% 129
Líbia 191.476 3 183 176.869 1,66% 477
Quênia 181.239 3.538 123.462 1,95% 73
Nigéria 167.375 2 118 163.917 1,27% 11
Tailândia 232 647 1775 191 355 0,76% 27
Macedônia do Norte 155.627 5 477 149 877 3,52% 2.639
Birmânia 150 714 3.275 134.589 2,17% 61
Cuba 172.909 1.193 162.531 0,69% 104
Coreia do Sul 153.155 2.008 144 788 1,31% 39
Letônia 137 110 2.500 133.141 1,82% 1310
Albânia 132.499 2 455 129.966 1,85% 813
Estônia 130.898 1.269 126.968 0,97% 958
Argélia 137.049 3.660 95 331 2,67% 89
Noruega 130.035 792 88 952 0,61% 147
Kosovo 107.571 2 249 104.791 2,09% 1 194
Quirguistão 118 106 1.958 106 858 1,66% 316
Uzbequistão 107.708 723 103.472 0,67% 22
Montenegro 101 131 1.609 98.243 1,59% 2.585
Zâmbia 140 620 1 855 115.898 1,32% 109
Gana 95.259 794 93.148 0,83% 30
Finlândia 94 719 969 31.000 1,02% 176
China 91 669 4.636 86.541 5,06% 3
Camarões 80.487 1320 57.008 1,64% 55
Salvador 77.484 2 351 71.603 3,03% 366
Chipre 73 832 374 - 0,51% 328
Afeganistão 111.532 4.519 66.799 4,05% 123
Moçambique 73 652 863 70 352 1,17% 29
Luxemburgo 70.586 818 69.555 1,16% 1.306
Maldivas 72.466 207 67 886 0,29% 474
Cingapura 62.448 35 62.098 0,06% 6
Mongólia 102.629 482 66.602 0,47% 157
Namibia 78 723 1.279 62.026 1,62% 505
Botswana 61.457 1.069 59.616 1,74% 466
Jamaica 49.841 1.049 29.322 2,1% 363
Costa do Marfim 47.760 306 47.239 0,64% 13
Uganda 75 357 781 50 350 1,04% 18
Senegal 42 333 1.158 40 767 2,74% 73
Madagáscar 42.161 905 40.450 2,15% 35
Zimbábue 43.480 1.692 37.477 3,89% 102
Sudão 36.558 2.750 30.404 7,52% 68
Angola 38.002 878 32 322 2,31% 29
Malawi 35 115 1.177 32 948 3,35% 63
República Democrática do Congo 38 936 896 28 115 2,3% 10
Camboja 44 711 475 39.314 1,06% 30
Malta 30.598 420 30.151 1,37% 903
Boné verde 32 192 284 31.202 0,88% 520
Austrália 30.408 910 - 2,99% 37
Ruanda 33.260 397 26.734 1,19% 33
Síria 25 118 1.845 21.738 7,35% 100
Gabão 24 958 159 24.509 0,64% 79
Trinidad e Tobago 31.207 768 22.630 2,46% 561
Guiné 23.615 168 22.379 0,71% 13
Mauritânia 20.473 483 19.514 2,36% 109
Eswatini 18.898 677 18.050 3,58% 602
Guiana 19 359 454 17.297 2,35% 584
Papua Nova Guiné 17.079 173 16.480 1,01% 19
Suriname 20 549 482 15.731 2,35% 856
Somália 14.776 773 6.985 5,23% 70
Haiti 17.710 393 12 753 2,22% 36
Mali 14 385 524 10.038 3,64% 28
Andorra 13.864 127 13 665 0,92% 1.667
Tajiquistão 13 714 90 13.218 0,66% 10
Ir 13 749 128 13.379 0,93% 16
Burkina Faso 13.468 167 13.290 1,24% 9
Belize 13.004 328 12.551 2,52% 875
Hong Kong 11.906 210 11 598 1,76% 28
Bahamas 12.295 241 11 230 1,96% 610
República do Congo 12.404 164 8 208 1,32% 31
Seychelles 14.620 59 13 323 0,4% 616
Djibouti 11 587 155 11.424 1,34% 162
Lesoto 11 128 329 6.445 2,96% 147
Sudão do Sul 10 688 115 10.514 1,08% 9
Guiné Equatorial 8.708 120 8 489 1,38% 95
Taiwan 14.389 605 - 4,2% 26
Benigno 8 170 104 8.000 1,27% 9
Nicarágua 7 877 189 - 2,4% 30
Vietnã 14 116 72 5 759 0,51% 1
República Centro-Africana 7.139 98 5 112 1,37% 21
Timor Leste 8.843 19 7 838 0,21% 15
Iémen 6 877 1.353 3 855 19,67% 48
Islândia 6 637 30 6 595 0,45% 84
Gâmbia 6.054 181 5.844 2,99% 86
Níger 5 469 193 5 178 3,53% 9
San Marino 5.090 90 4.998 1,77% 2.695
Santa Lúcia 5 238 84 5.084 1,6% 470
Chade 4.946 174 4 768 3,52% 11
Burundi 5.300 8 773 0,15% 1
Serra Leoa 4 816 82 3 264 1,7% 11
Eritreia 5.608 21 5.078 0,37% 6
Comores 3 912 146 3.745 3,73% 177
Guiné-bissau 3.825 69 3562 1,8% 37
Liechtenstein 3 031 59 2 957 1,95% 1.556
Mônaco 2.557 33 2.491 1,29% 853
São Tomé e Príncipe 2363 37 2316 1,57% 181
Nova Zelândia 2 362 26 2.314 1,1% 5
Libéria 3.265 110 2 222 3,37% 23
Laos 2.060 3 1 962 0,15% 0
Butão 1 963 1 1.702 0,05% 1
Maurício 1.779 18 1331 1,01% 14
Antigua e Barbuda 1.263 42 1 221 3,33% 412
Princesa diamante 712 14 698 1,97% 3.773
Tanzânia - - - - -
Fiji 2.549 13 636 0,51% 14
Brunei 252 3 243 1,19% 7
Barbados 236 7 218 2,97  % 24
Dominica 192 0 189 0% 0
Grenade 160 1 158 0,63% 9
São Vicente e Granadinas 98 0 81 0  % 0
São Cristóvão e Neves 396 3 92 0,76% 54
Macau 53 0 51 0% 0
Vaticano 29 0 27 0% 0
Saara Ocidental 28 2 26 0  % 0
Ilhas Salomão 13 0 4 0  % 0
MS Zaandam 13 4 - 30,77% 2 187
Ilhas Marshall 4 0 0 0  % 0
Samoa 3 0 1 0% 0
Vanuatu 3 0 3 0% 0
Estados Federados da Micronésia 1 0 0 0  % 0

Caracterização

A taxonomia desses novos vírus é inicialmente debatida, levando finalmente em 1975 à criação de uma nova família ( Coronaviridae ) e uma nova subfamília ( Orthocoronavirinae ) pelo Comitê Internacional de Taxonomia de Vírus .

Denominação

O termo coronavírus (do latim corona e vírus , literalmente "vírus da coroa") vem do aparecimento dos vírions ao microscópio eletrônico , caracterizado por uma franja de grandes protuberâncias circundando o envelope com a aparência de uma coroa , por analogia com a corona solar .

Hosts de vírus

Os hospedeiros ideais para coronavírus, como vertebrados voadores de sangue quente , são morcegos (para Alphacoronavírus e Betacoronavírus ) e pássaros (para Gammacoronavírus e Deltacoronavírus ) . Essas espécies reservatório garantem a evolução e disseminação dos coronavírus. Em outras espécies , os sintomas variam (doenças do trato respiratório superior em galinhas , diarreia em vacas ou porcos , do trato digestivo em gatos e cães , etc.). Às vezes, nenhum sintoma está associado à sua presença (por exemplo, beluga coronavírus ).

O ser humano abriga quatro tipos de coronavírus naturalmente leves, que causam infecções do trato respiratório , como o resfriado comum , e raramente afetam o sistema gastrointestinal , cardíaco e nervoso .

Os grupos de coronavírus normalmente têm um hospedeiro animal específico ( mamíferos ou pássaros), mas às vezes podem mudar de hospedeiro como resultado de uma mutação . São essas mutações que provavelmente levaram ao aparecimento de cepas que causam infecções graves em humanos ( SARS , MERS e Covid-19 ).

Tropismo

Por muito tempo se pensou que os coronavírus tinham um tropismo apenas respiratório ou gastrointestinal (expresso por pneumonia e enterocolite em casos graves), mas um número crescente de estudos mostra um tropismo muito mais amplo, particularmente cardiovascular e também neurológico (desde os estágios iniciais). 1980s, foi demonstrado que vários coronavírus, dos quais, no último caso, o SARS-CoV-2 são claramente também neuroinvasivos e neurotrópicos, a ponto de esta diversidade de tropismos e sintomas formarem coronavírus (murinos em particular, agrupados sob a sigla de MHV) um modelo animal para o estudo de doenças humanas tão variadas quanto esclerose múltipla , hepatite viral ou pneumonia (SR Weiss et al. 2011). O MHV entra no sistema nervoso central (SNC) por meio de neurônios no nervo olfatório e pode causar encefalite aguda ou doença desmielinizante crônica, se persistir (também pode se espalhar para a medula espinhal ).

Pesquisar

Em 2002, o aparecimento do Sars-CoV, vírus responsável por uma doença infecciosa dos pulmões, levou a União Europeia a lançar vários programas para não ser surpreendida em caso de novas emergências. Desde 2004, a equipe de Bruno Canard, diretor de pesquisa do CNRS em Aix-Marseille, especialista em coronavírus, graças às redes colaborativas europeias, tem mostrado resultados promissores. “Tivemos esta ideia que acabou por ser frutífera: os vírus têm uma capacidade enorme de serem diferentes, variados, com famílias numerosas. Por isso, estudamos todos ao mesmo tempo, para ter um modelo padrão que nos permitisse, em caso de ameaça de um vírus desconhecido, encontrar um próximo, do qual pudéssemos extrair dados científicos. "

Mas a partir de 2006, o interesse dos políticos pelo Sars-CoV desapareceu. A crise financeira de 2008 acelerou a retirada da Europa e da França da pesquisa, as estratégias de pesquisa fundamental perderam seu financiamento. Além disso, em 2015, Bruno Canard, denuncia o desligamento europeu e francês no setor da ciência e envia com seus colegas belgas e holandeses cartas de intenções à Comissão Europeia, onde explica que existem nove famílias de vírus para as quais o surgimento é possível . “O primeiro da lista foi o flavivírus ”, explica. O segundo, o coronavírus. Um ano depois, apareceu o Zika, um flavivírus ”. No entanto, a Comissão Europeia nunca dará uma resposta. E em 2020 aparece o Sars-CoV-2, um coronavírus que causa o Covid-19 .

Biologia

Morfologia

Este vírus com envelope consiste em um envelope viral que envolve um capsídeo helicoidal que contém a fita de RNA. O tamanho do genoma desses vírus varia de cerca de 26 a 32  quilobases , entre os maiores valores em vírus de RNA .

Os coronavírus têm em comum proteínas designadas por uma letra que indica sua localização: S (protuberâncias), E (envelope), M (membrana) e N (nucleocapsídeo). Alguns, especialmente aqueles no subgrupo A do gênero Betacoronavirus , têm uma proteína  HE ( hemaglutinina esterase (en) ) característica. O coronavírus SARS também apresenta na proteína S um local de ligação específico para a enzima de conversão da angiotensina 2, que serve como seu ponto de entrada na célula hospedeira .

O tamanho físico do vírion é convencionalmente dado como sendo de 120 a 160  nm ou como sendo da ordem de 125  nm . No entanto, o SARS-CoV-2 , responsável pela Covid-19, foi anunciado mais recentemente como medindo aproximadamente 60 a 140  nm e tendo forma elíptica com muitas variações.

Genoma

Todos os CoVs têm um genoma de RNA não segmentado (fita simples) organizado da mesma maneira: cerca de dois terços do genoma contém duas grandes   " estruturas de leitura aberta " sobrepostas (conhecidas como ORF1a e ORF1b ). Estas duas estruturas são traduzidas em "  replicase de poliproteína " pp1a e pp1ab . “Essas poliproteínas são então processadas para gerar 16 proteínas não estruturais, designadas nsp1 ~ 16. A parte restante do genoma contém ORFs para proteínas estruturais, incluindo ponta (S), envelope (E), membrana (M) e a nucleoproteína ( N). Uma série de proteínas acessórias específicas de linhagem também são codificadas por diferentes linhagens de CoV ” .

Replicação

Isso é feito em seis etapas sucessivas (veja a ilustração):

  1. graças à sua proteína S , os coronavírus ligam-se às moléculas da superfície celular , como as metaloproteinases . Os vírus com a adição da proteína HE (hemaglutinina esterase) em seu envelope também podem se ligar ao ácido N-acetilneuramínico, que serve como um co - receptor (ele próprio iniciador da entrada de um patógeno na célula hospedeira). Não está claro se os vírus entram na célula hospedeira pela fusão das membranas virais e celulares ou pela internalização do receptor . Qualquer que seja o mecanismo, a fita de RNA é inserida na célula e o capsídeo (a casca) é abandonado;
  2. os coronavírus têm um genoma de RNA de fita única positiva, agora instalado no citoplasma . O genoma do RNA do coronavírus tem uma capa metilada 5 'e uma cauda poliadenilada 3', que permite que o RNA se ligue aos ribossomos para tradução. Os ribossomos da célula decodificam o RNA viral, produzindo as proteínas nele codificadas;
  3. primeiro, o RNA positivo do vírus é transcrito em proteína para formar sua própria RNA polimerase (uma RNA polimerase dependente de RNA ). Replicase é a primeira proteína produzida; uma vez que o gene que codifica a replicase foi traduzido pelo ribossomo da célula hospedeira, a tradução é interrompida por um códon de parada. Essa replicase viral reconhece e produz apenas RNA viral e permite que o genoma viral seja transcrito em novas cópias de RNA, usando a maquinaria da célula hospedeira. Usando a fita positiva como molde, esta enzima monta a fita negativa;
  4. subsequentemente, essa fita negativa em si serve como um modelo para transcrever pequenos RNAs subgenômicos, que são usados ​​para fazer todas as outras proteínas. Isso é chamado de transcrição aninhada. Esse processo é uma forma de economia genética, permitindo que o vírus codifique o maior número de genes em um pequeno número de nucleotídeos;
    o genoma da fita negativa é traduzido pelo ribossomo da célula hospedeira, e uma longa poliproteína é formada, onde todas as proteínas virais são anexadas. Os coronavírus têm uma proteína não estrutural - uma protease - que é capaz de clivar a poliproteína.
    Além disso, esta fita negativa desempenha um papel na replicação de novos genomas de RNA de fita positiva.
    O citoplasma da célula hospedeira é preenchido com proteínas virais e RNAs;
  5. (a) a proteína N ajuda a ligar o RNA genômico à encapsidação do genoma viral em um envelope protetor denominado capsídeo  ; a proteína M integra-se na membrana do retículo endoplasmático , no lado do capsídeo; e as proteínas HE e S atravessam a membrana do retículo endoplasmático, por meio da proteína de translocação, e posicionam-se no lado oposto;
    (b) com a ligação entre o capsídeo e as proteínas M, a membrana do retículo invagina e brota. O capsídeo montado (a concha) dotado de RNA helicoidal é então encontrado dentro do retículo endoplasmático, tendo capturado para seu benefício a membrana deste, que agora carrega as proteínas HE e S em seu exterior;
  6. essa progênie viral é então (a) encapsulada e transportada por vesículas de Golgian para a membrana celular, (b) para ser finalmente externalizada (por exocitose ) fora da célula.

Contágio do coronavírus

Tipos de infecção

Sete tipos de coronavírus comumente infectam humanos, três dos quais causam infecções graves.

Infecções leves

Os primeiros quatro tipos conhecidos não são graves: coronavírus humanos 229E , NL63 , OC43 e HKU1 , desconhecidos em morcegos. Eles causam resfriados com febre e dor de garganta devido ao inchaço das adenóides, principalmente no inverno e no início da primavera.

Acredita-se que os coronavírus sejam a causa de 15 a 30% dos resfriados comuns.

Infecções graves

Três tipos de coronavírus que não são encontrados naturalmente em humanos, mas em mamíferos, foram descobertos mais recentemente e causaram infecções graves nos pulmões ( pneumonia viral):

Dependendo do vírus envolvido, as formas graves da doença apresentam particularidades. Por exemplo, a diarreia era muito comum na SARS, mas rara na doença coronavírus em 2019 .

Comparação de infecções graves

São utilizadas três fontes principais: o Institut Pasteur , a OMS e o CDC dos EUA .

Síndrome Respiratória do Oriente Médio (MERS) Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS) Doença por coronavírus 2019 (COVID-19)
agente patogênico MERS-CoV SARS-CoV SARS-CoV-2
Ano de aparecimento 2012 2003 2019
Número de casos 1 219 8.098 incluindo 5.327 na China. Em andamento, veja aqui
Porcentagem de casos por transmissão nosocomial 70% 58%
Número de mortes 449 774 (incluindo 349 na China) Em andamento, veja aqui
Tanque Camelo Bastão Morcego (provavelmente)
Transmissão de animais para humanos Contato direto com animal infectado, consumo de leite cru de camelo . Consumo de carne de civeta de palma mascarada , animal silvestre vendido em feiras e consumido no sul da China. Um pangolim pode ser o hospedeiro intermediário.
Transmissão de pessoa para pessoa sim sim sim
Transmissão por objeto - sim Risco muito baixo.
Transmissão materno-fetal - Nenhum caso encontrado em mulheres grávidas infectadas com este vírus. Nenhuma prova.
Transmissão através do leite materno Um único caso documentado RT-PCR negativo em 16 mulheres testadas
Incubação Entre 5 e 15 dias. Entre 2 e 7 dias. Com o tempo médio de incubação de 5,1 dias (média de 5,5 dias), 97,5% das pessoas ficarão doentes 11,5 dias após o contato infeccioso.
Portadora saudável - Provavelmente não. Sim (apenas um caso publicado)
Contágio Taxa de reprodução inferior a 1. Taxa de reprodução maior que 2. Mediana da taxa de reprodução da linha de base (R 0 ) em 2,79.
Duração da contagiosidade - - Parece limitado ao período dos sinais clínicos. Possibilidade contestada de contágio na fase assintomática.
Início do período contagioso - 3 a 4 dias após o início dos sinais clínicos. Assim que aparecerem os sinais clínicos. Portador assintomático comprovado.
Febre Em 98% 99% Em 87,9%, mas pode aparecer vários dias após tosse ou dificuldade para respirar.
Diarréia Em 26% Em 20%. Em 3,7%.
Transmissão pelas fezes Muito provavelmente, mas desempenhou um papel menor. Essa possibilidade está sendo considerada.
Letalidade 34,4% 9,5%, mais de 50% para maiores de 65 anos. 3,4%
Tratamento Sintomático Sintomático Sintomático
Vacina Algum Algum Em progresso
Status Possível ressurgimento. Considerado erradicado. Epidemia em andamento.

Cruzando a barreira do dinheiro

Em vista das sequências genômicas disponíveis, dois táxons animais principais seriam o principal reservatório de CoVs:

  • Morcegos  : hospedeiros naturais de HCoV-NL63 e HCoV-229E;
  • roedores  : hospedeiros naturais de HCoV-OC43 e HKU1.

Diante do conhecimento disponível, os coronavírus pareciam necessitar de hospedeiros intermediários (sempre mamíferos) para se “humanizar”, ou seja, sofrer mutação para poder infectar humanos.
Os hosts intermediários conhecidos foram:

Transmissão de pessoa para pessoa

Para a pandemia de 2019-2020, consulte os artigos cujos nomes se seguem.

A transmissão de humano para humano de coronavírus ocorre principalmente por meio de gotículas respiratórias ou aerossóis expectorados por uma pessoa infectada (por meio de tosse, espirro, cuspe ou, às vezes, simplesmente falando alto ou gritando ) quando as partículas virais são inaladas por uma pessoa nas proximidades. A transmissão e a contagiosidade também variam dependendo do coronavírus e talvez de sua cepa dentro de uma epidemia.

A profilaxia requer uma prevenção primária para limitar a transmissão do vírus: evitar o contato (superfícies potencialmente contaminadas, apertos de mão, abraços), lavar as mãos com frequência, evitar tocar nos olhos, nariz ou boca, onde o vírus pode entrar no corpo. Em caso de sintomas como tosse ou constipação, mantenha-se a pelo menos 1 metro de distância de qualquer pessoa e evite a emissão de partículas contaminadas.

Outras recomendações incluem:

  • não entre em contato com animais obviamente doentes, não coma carne de animais doentes;
  • não consuma produtos de origem animal mal cozidos (carne, etc.) ou vegetais crus se não tiverem sido lavados com água não contaminada.

Tratamento

No caso da SARS, foram usados ​​medicamentos na tentativa de conter a epidemia: ribavirina , um análogo de nucleotídeo, antiinflamatórios esteroides e, após identificação formal do patógeno e telas de sensibilidade, o ' interferon-alfa e inibidores de protease . Sua eficácia ainda é questionável. Nenhum foi objeto de um estudo clínico adequado: muitos estudos disponíveis não permitem conclusões científicas claras porque foram realizados em um pequeno número de indivíduos ou sem um protocolo ou dose fixa. Alguns até indicam que esses tratamentos podem ter afetado a erradicação do vírus.

Bruno Canard denuncia em março de 2020foge e publica uma carta aberta Coronavirus: a ciência não funciona com pressa! . Ele diz: “Uma vacina leva, no máximo, 18 meses de pesquisa. E para vírus imprevisíveis, que mudam, não é adequado. Melhor fazer medicamentos que tenham um amplo espectro em uma família viral. Isso pode levar 5 anos, às vezes 10. Daí a importância da antecipação científica. "

Vacinas

A rápida erradicação da epidemia de SARS anterior não deixou muito espaço para ensaios clínicos. De vacinas com base em vírus inactivados, e outros com base nas proteínas S e N, estão a ser considerados durante vários anos. Para vacinas, os elementos virais que produzem imunidade muitas vezes não são suficientemente conservados na mesma família viral. “Portanto, se houvesse uma vacina contra o coronavírus de 2003, é praticamente certo que ela não teria funcionado satisfatoriamente contra [o] Covid-19” (Bruno Canard).

Taxonomia

Nomenclatura de coronavírus

Os coronavírus são nomeados por um grupo de estudo que trabalha dentro do ICTV ( Comitê Internacional de Taxonomia de vírus ).

Classificação

Os coronavírus ( CoV ) são vírus de RNA de fita simples de sentido positivo (grupo IV da classificação de Baltimore ) correspondendo à subfamília Orthocoronavirinae da taxonomia do ICTV , família Coronaviridae e ordem Nidovirales .

De acordo com as características de suas sequências protéicas, os CoVs são classificados em 4 gêneros (alfa-CoV, beta-CoV, gama-CoV e delta-CoV), todos contendo vírus patogênicos para mamíferos:

  1. Alphacoronavirus , que inclui ovírus da diarreia epidêmica suína(PEDV), ovírus da gastroenterite transmissível porcina(TGEV), asíndrome da diarreia aguda suína coronavírus(SADS-CoV), ocoronavírus canino, ocoronavírus entérico felino,vírus da peritonite infecciosa felina(FIPV) ;
  2. Betacoronavírus , incluindo vírus respiratório-respiratórioSARS(SARS-CoV),SARS-CoV-2, síndrome respiratória do Oriente Médio coronavírus (MERS-CoV), vírus da hepatite murina (MHV), coronavírus bovino, vírus da sialodacroadenite de rato, vírus da sialodacroadenite suína, suína hemaglutinose, vírus da hemaglutinose suína, coronavírus equino. Neste gênero Betacoronavirus, oSARS-CoVe oSARS-CoV-2pertencem ao subgênero Sarbecovirus no qual três clados distintos foram identificados:
    -Clade1: cepas de "morcegos" da Bulgária e do Quênia;
    -Clade2:cepasSARS-CoV-2 e "morcego" do leste da China;
    - Clade3:cepasSARS-CoV e "morcego" do sudoeste da China:
  3. Gammacoronavírus : encontrado principalmente em aves migratórias, causando bronquite em particular; um Gammacoronavírus foi isolado de umabeluga emcativeiro,
  4. Deltacoronavirus : conhecido recentemente, que parece infectar principalmente aves, mas também é encontrado em porcos.

Notas  :

  • Às vezes, um coronavírus é denominado de acordo com a espécie animal onde foi encontrado pela primeira vez (por exemplo: coronavírus respiratório canino ou CRCoV para coronavírus respiratório canino , vírus pertencente ao gênero betacoronavírus e seu subgrupo 2a).
  • O último coronavírus encontrado, em 2019 , é o SARS-CoV-2 , responsável pela pandemia de Covid-19 .

Lista de espécies

A subfamília Orthocoronavirinae da família Coronaviridae é organizada em 4 gêneros, 22 subgêneros e cerca de quarenta espécies:

  • Orthocoronavirinae subfamília
    • Gênero Alphacoronavirus
      • Subgênero Colacovírus
        • Coronavírus de morcego CDPHE15
      • Subgênero Decacovírus
        • Coronavírus de morcego HKU10
        • Rhinolophus ferrumequinum alphacoronavirus HuB-2013
      • Subgênero Duvinacovirus
      • Subgênero Luchacovirus
        • Coronavírus de rato Lucheng Rn
      • Subgênero de minacovírus
        • Doninha coronavírus
        • Coronavírus de vison 1
      • Subgênero de minunacovírus
        • Miniopterus vence o coronavírus 1
        • Miniopterus venceu coronavírus HKU8
      • Subgênero Myotacovirus
        • Myotis ricketti alphacoronavirus Sax-2011
        • Nyctacovirus
        • Nyctalus velutinus alphacoronavirus SC-2013
      • Subgênero Pedacovírus
        • Vírus da diarreia epidêmica suína
        • Scotophilus venceu coronavírus 512
      • Subgênero Rhinacovirus
        • Rhinolophus vence HKU2 coronavirus
          • SADS-CoV (Coronavírus da Síndrome da Diarréia Aguda Porcina)
      • Subgênero Setracovirus
      • Subgênero Tegacovírus
    • Gênero Betacoronavirus
      • Subgênero de Embecovírus
        • Betacoronavírus 1
          • HCoV-OC43
          • Coronavírus bovino
          • Coronavírus respiratório canino
          • Coronavírus HKU23
          • Coronavírus equino
          • Vírus da encefalomielite hemaglutinante suína
          • Yak coronavirus
        • China Rattus coronavirus HKU24
        • Coronavírus humano HKU1 (HCoV-HKU1)
        • Coronavírus murino
        • Myodes coronavirus 2JL14
      • Subgênero Hibecovirus
        • Bat Hp-betacoronavirus Zhejiang 2013
      • Subgênero Merbecovirus
        • Hedgehog coronavirus 1
        • Coronavírus
    relacionado à síndrome respiratória do Oriente Médio (MERS-CoV)
  • Pipistrellus vence HKU5 coronavirus
  • Tylonycteris vence o coronavírus HKU4
  • Subgênero Nobecovirus
    • Rousettus venceu coronavírus GCCDC1
    • Rousettus venceu coronavírus HKU9
  • Subgênero Sarbecovirus
  • Genus Gammacoronavirus
  • Gênero Deltacoronavirus
    • Subgênero Andecovirus
      • Wigeon coronavirus HKU20
    • Subgênero Buldecovirus
      • Bulbul coronavirus HKU11
      • Coronavírus HKU15
      • Munia coronavirus HKU13
      • Coronavírus do olho branco HKU16
    • Subgênero de herdecovírus
      • Coronavírus da garça noturna HKU19
    • Subgênero Moordecovirus
      • Coronavírus de galinha-d'água comum HKU21


    • Notas

    1. Inclui casos de Porto Rico e das Ilhas Virgens dos EUA .
    2. Incluem-se os casos identificados em Guadalupe , Guiana , Reunião , Martinica , Mayotte , Nova Caledônia , Polinésia Francesa , Saint-Barthélemy , Saint-Martin e Saint-Pierre-et-Miquelon .
    3. Universidade Johns-Hopkins adicionando casos confirmados e prováveis, dados da Public Health France são usados ​​para a França ( fonte ).
    4. Os números ao lado não levam em consideração a declaração da vice-primeira-ministra encarregada da saúde, Tatiana Golikova, que indicou em 28 de dezembro que COVID-19 teria matado 186.000 desde o início da pandemia. Veja "  Moscou admite que o número de mortos de Covid-19 na Rússia é três vezes o número oficial  " , no Le Monde ,29 de dezembro de 2020
    5. Inclui casos relatados em Anguila , Bermuda a Gibraltar , Ilhas do Canal , Ilhas Cayman , Ilhas Turquia e Ilhas Caicos , Ilhas Virgens Britânicas na Ilha de Man e Montserrat .
    6. Incluem-se os casos identificados em Aruba , Curaçao e Saint-Martin .
    7. O número total de mortes registradas em10 de abrilrepartem-se da seguinte forma: 57  % ocorreram em ambiente hospitalar, 40  % em lares de idosos (sem teste confirmatório), 1  % na casa do paciente e para 2  % , a informação não está disponível de acordo com Sciensano .
    8. Incluem-se os casos relatados na Groenlândia e nas Ilhas Faroe .

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    Veja também

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    Infográficos

    Artigos relacionados

    links externos